机构
研究院实行管理委员会领导下的院长负责制，设咨询委员会与学术委员会、管理团队，按照管理部门、研究机构两大板块进行运行管理，人员配置专兼结合。建设初期根据“少而精”的原则先确定专职人员，并按照“加快推进、逐步完善”原则安排专职岗位，有序推进。
管理委员会
管理委员会是研究院的决策和监督机构，由共建单位和成员单位共同构成，主要负责审议发展战略、资金筹措、项目需求和项目策划等事宜，并监督研究院年度工作计划的执行情况。管理委员会成员由流域保护与发展所涉及领域相关单位的代表组成。主任主持管理委员会全面工作，副主任协助主任做好具体工作的下达和落实，委员单位积极参与研究院的建设与发展，参加由研究院组织的科研、产学研合作等工作。
咨询委员会与学术委员会
咨询委员会是研究院的技术与学术咨询机构，主要负责是对研究院的科技发展战略、研究方向等重大科技事项提出咨询意见，由相关领域资深专家组成；学术委员会是研究院的技术与学术指导机构，主要负责对研究院的科技发展战略、研究方向等重大科技事项提出指导意见，并监督研究院年度科研计划的执行情况，由相关领域院士和权威专家组成。
管理团队
管理团队包含院长、执行院长、副院长及管理部门人员等，其中院长负责研究院的发展规划、学科建设、人才培养等重大问题的决策和组织实施；执行院长主持研究院全面日常工作；副院长分别负责科研策划和组织实施、人员聘任、年度考核、条件保障等相关工作。管理部门负责做好研究院的日常行政管理，由综合部、技术部、合作交流部3个部门组成，部门人员由河海大学、南京水利科学研究院共同选派推荐。
研究机构
目前，研究院根据长江大保护战略需求，并结合工作实际确定了六大研究方向，并邀请相关领域具有学术影响力的科学家作为各方向首席带头人，并赋予各研究中心科学研究、长江大保护研究与发展相关培训、长江大保护和发展的战略研究、学校高层次人才培养等职能。未来，研究院还将不断开拓创新，紧跟长江保护与绿色发展的前沿，不断开拓新的研究方向及重点领域。
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